«Шестиструнный самурай» описывает события мира альтернативной истории США, в котором Советский Союз оканчивает внезапно начавшуюся Третью мировую войну несколькими ядерными ударами по Соединённым Штатам, обращая их территорию в пустыню, непригодную для жизни. Правительство США (а ныне — «Королевства Элвиса») объединяется под руководством Короля рок-н-ролла в Лост-Вегасе (новое название Лас-Вегаса).
Фильм начинается с радиопередачи, в которой сообщается о том, что Элвис умер, и теперь каждый живой музыкант-виртуоз направляется в Лост-Вегас пытать счастья стать новым Королём.
Бадди (Джефри Фэлкон), похожий на Бадди Холли — один из таких музыкантов, стекающихся к городу, последнему оплоту свободы в варварском мире постядерной пустоши. В начале своего путешествия он сталкивается с необходимостью спасти второго главного героя фильма — Паренька (англ. Kid), и после этого не может избавиться от его компании, которая его чем дальше, тем менее тяготит, потому что ребёнок оказывается выгодным и интересным спутником.
Во время своего путешествия Бадди встречается со многими людьми, начиная от семейки похожих на зомби деревенских людоедов и заканчивая странными «теми, кто живет на ветряной мельнице» и грязными дикарями, составляющими теперь бо́льшую часть гражданского населения. Шпинатный монстр, по описанию, присутствующему в фильме, нежно, но очень крепко берёт непослушных детей за плечи, усаживает на сырую землю и заставляет есть шпинат весь день. Искусно владеющий самурайским мечом и гитарой, Бадди вступает в бой с многочисленными противниками: другими самураями, боулингистами-охотниками за головами, музыкантами сибирской группы «Red Elvises» (которые написали саундтрек к фильму), потерявшейся ротой Красной армии на дороге к Лост-Вегасу. Его основным противником, так или иначе, остаётся зловещий соло-гитарист, называющий себя Смертью и методично убивающий всех претендентов на трон Короля рок-н-ролла.
